Covid-19: Razvoj vakcine, imunitet i primena medikamenata

[nikola1970]

Znači da smo najebali. [emoji16]

Sent from my LYA-L09 using Tapatalk

[zmanic]

39 minutes ago, Boza_zvani_Pub said:

Sta znaci ova poslednja recenica?

Kako ja kapiram: odziv imunog sistema je burniji, broj antitela je znatno uvećan za istu koncentraciju virusa u telu domaćina

[Tsai]

[Aleksija]

ali hajde da sacekamo malo, bice jos radova, ne vredi nijedan prihvatati kao konacnu istinu. vise puta smo se uverili.

 

[TdEII]

 

 

@Aleksija 

 

Za računanje tzv. klasičnog imuniteta krda populacija (zatvorena)  se uzima kao homogena, u kojoj su sve jedinke jednako podložne infekciji i u jednakoj meri prenose infekciju, ako se zaraze. Pre nego postanu zarazne jedinke prolaze kroz faze Susceptibile-Exposed-Infected-Recovered (SEIR), i osnovni reprodukcioni broj (basic reproduction number) R0 se određuje kao srednji broj kontakata koji ostvari zaraženi pojedinac i kojim može da se prenese infekcija pre nego pojedinac ozdravi (ili umre, sa stanovišta matematike, svejedno je). Sam kontakt je definisan kao  dovoljno blizak kontakt da se zarazi druga jedinka koja je podložna, ergo kontakti sa već zaraženim osobama se ne računaju. U ovakvoj populaciji i ovim uslovima, imunitet krda se dostiže kad je h=1-1/R0 - za SARS CoV-2 procene R0 idu od 2-4 i za te vrednosti h je u opsegu 50-70%. (Gro modela koji kruže bespućima Mreže je uprošćen baš do ovog nivoa - hoću reći ne valja ni pišljiva boba). Uslov potpune podložnosti infekciji, međutim, važi samo u početnim fazama epidemije. Sa protokom vremena počinje da se stvara deo populacije koji je “vakcinisan” tj. imun zbog preležane infekcije. U ovoj fazi parametar “vakcinacija” može da se modelira kao da daje 100% zaštitu i uniformno je raspoređen po populaciji kao deo v. Novi osnovni reprodukcioni broj  je sad malo složeniji R1=(1-v)/R0. Iz ovoga sledi da imunitet krda nastaje kad je R1</=1 tj. kad je dostignut neki minimalni kritični nivo “vakcinacije”. Ako vakcinacija nije savršena, ne daje 100% zaštitu, već samo smanjuje podložnosti infekciji za neki stepen E, potreban kritičan broj vakcinisanih/imunih raste i implicitno imunitet krda se dostiže sa još većim procentom populacije.

 

Ni jedna populacija nije homogena, složićemo se. U ovom radu su uzeta dva parametra stratifikacije, po starosti na 6 grupa sa heterogenim mešanjem među različitim grupama gde pojedinačan kontakt koji dovodi do infekcije zavisi od starosne grupe oba kontakta. Druga stratifikacija je podela po društvenoj aktivnosti (broj ostvarenih kontakata) na arbitrarno 3 grupe: 50%  ima normalan broj kontakta, 25% ima visok nivo, definisan je dvostruko više kontakatan od “normale”, i 25% ima nizak nivo društvene aktivnosti, definisam kao upola manje kontakata od normale.

 

Čak i ovako uprošćen, a ipak složeniji  model daje potreban manji stepen za dostizanje imuniteta krda - vidi tabelu 1. h0 je rezultat stratifikovanog modela. Samo za sebe i starosna stratifikacija i podela po društvenoj aktivnosti smanjuju potreban procenat, ali primetno smanjuju samo zajedno. Za društvo u celini to znači da se potreban i dovoljan imunitet  cele populacije dostiže kad pojedine grupe dostignu svoje procente, a taj broj je znatno niži od tzv. klasičnog (tabela 1). Koji su tačno procenti za koje kombinacije može da se vidi iz matrica računa, ali nisu date u radu. (Setovi početnih jednačina, međutim, jesu dati u dodatku koji je dostupan.) Ovo takođe ima značaja i za budući vakcinaciju - kako definisati prioritetne grupe? Ne samo po starosti i inherentnim medicinskim prioritetima, već obavezno i po društvenoj aktivnosti. Za širenje infekcije, tačnije usporavanje, bitno bi bilo dalje razraditi model i uključiti npr. uticaj heterogenosti prostora, seoske naspram gradskih sredina - posledica svakog daljeg usložnjavanja, autori tvrde (a ja se slažem) je dalje smanjenje potrebnog i dovoljnog procenta za postizanje imuniteta krda

 

Drugi, tj. prvi deo rada puštanje klasičnog SEIR modela infekcije, ali sa ove dve stratifikacije i primenjenim merama kontrole epidemije je isto zanimljiv. Pod pretpostavkom da su inficirani pojedinci u latentnom stanju 3 dana, posle kojih sledi 4 dana infektivnosti (približno šta se znalo za SARS CoV-2) i da pojedinci imaju društvene kontakte po pretpostavci (malo je komplikovanije ovde, ali kao ilustracija OK je i ovako), i da je R0=2.5. Dole je Fig. 1  koja prikazuje razvoj zaraženog procenta populacije sa vremenom u četiri primera: (epidemija je počela 0. dana (15. II) 30. dana su uvedene mere  koje ostaju na snazi tri meseca (30. VI) kada se ukidaju u potpunosti. Stepen mera je u rasponu od nikakve (1, plavo) do potpunog lockdown-a (8/15, ljubičasto). U ovom modeliranju, JEDINI slučaj kada dolazi do 2. peak-a infekcije je scenario u kome je uveden lockdown, koji je podignut pre nego je minimalno potreban broj pojedinaca preležao infekciju.  Špekulšem ovde: ako se pusti evolucija epidemije još dalje u vremenu, i sa nekim drugim R0 npr., ne bi me iznenadio ni 3. peak…

 

Ispada da svaka cela zatvorena populacija, npr. u formi država, kada planira mere za suzbijanje epidemije mora da zna što bolje strukturu i sastav stanovništva da bi procenila obuhvat, kvalitet i dužinu trajanja mera.

 

Sve što je bilo ponavljanje poznatog, tja. Ostalo je valjda nešto što ima smisla, makar kao podloga za diskusiju ili Food for thought.

 

 

 

Edited July 4, 2020 by TdEII

[precog]

6 minutes ago, TdEII said:

 

 

@Aleksija 

 

Za računanje tzv. klasičnog imuniteta krda populacija (zatvorena)  se uzima kao homogena, u kojoj su sve jedinke jednako podložne infekciji i u jednakoj meri prenose infekciju, ako se zaraze. Pre nego postanu zarazne jedinke prolaze kroz faze Susceptibile-Exposed-Infected-Recovered (SEIR), i osnovni reprodukcioni broj (basic reproduction number) R0 se određuje kao srednji broj kontakata koji ostvari zaraženi pojedinac i kojim može da se prenese infekcija pre nego pojedinac ozdravi (ili umre, sa stanovišta matematike, svejedno je). Sam kontakt je definisan kao  dovoljno blizak kontakt da se zarazi druga jedinka koja je podložna, ergo kontakti sa već zaraženim osobama se ne računaju. U ovakvoj populaciji i ovim uslovima, imunitet krda se dostiže kad je h=1-1/R0 - za SARS CoV-2 procene R0 idu od 2-4 i za te vrednosti h je u opsegu 50-70%. (Gro modela koji kruže bespućima Mreže je uprošćen baš do ovog nivoa - hoću reći ne valja ni pišljiva boba). Uslov potpune podložnosti infekciji, međutim, važi samo u početnim fazama epidemije. Sa protokom vremena počinje da se stvara deo populacije koji je “vakcinisan” tj. imun zbog preležane infekcije. U ovoj fazi parametar “vakcinacija” može da se modelira kao da daje 100% zaštitu i uniformno je raspoređen po populaciji kao deo v. Novi osnovni reprodukcioni broj  je sad malo složeniji R1=(1-v)/R0. Iz ovoga sledi da imunitet krda nastaje kad je R1</=1 tj. kad je dostignut neki minimalni kritični nivo “vakcinacije”. Ako vakcinacija nije savršena, ne daje 100% zaštitu, već samo smanjuje podložnosti infekciji za neki stepen E, potreban kritičan broj vakcinisanih/imunih raste i implicitno imunitet krda se dostiže sa još većim procentom populacije.

 

Ni jedna populacija nije homogena, složićemo se. U ovom radu su uzeta dva parametra stratifikacije, po starosti na 6 grupa sa heterogenim mešanjem među različitim grupama gde pojedinačan kontakt koji dovodi do infekcije zavisi od starosne grupe oba kontakta. Druga stratifikacija je podela po društvenoj aktivnosti (broj ostvarenih kontakata) na arbitrarno 3 grupe: 50%  ima normalan broj kontakta, 25% ima visok nivo, definisan je dvostruko više kontakatan od “normale”, i 25% ima nizak nivo društvene aktivnosti, definisam kao upola manje kontakata od normale.

 

Čak i ovako uprošćen, a ipak složeniji  model daje potreban manji stepen za dostizanje imuniteta krda - vidi tabelu 1. h0 je rezultat stratifikovanog modela. Samo za sebe i starosna stratifikacija i podela po društvenoj aktivnosti smanjuju potreban procenat, ali primetno smanjuju samo zajedno. Za društvo u celini to znači da se potreban i dovoljan imunitet  cele populacije dostiže kad pojedine grupe dostignu svoje procente, a taj broj je znatno niži od tzv. klasičnog (tabela 1). Koji su tačno procenti za koje kombinacije može da se vidi iz matrica računa, ali nisu date u radu. (Setovi početnih jednačina, međutim, jesu dati u dodatku koji je dostupan.) Ovo takođe ima značaja i za budući vakcinaciju - kako definisati prioritetne grupe? Ne samo po starosti i inherentnim medicinskim prioritetima, već obavezno i po društvenoj aktivnosti. Za širenje infekcije, tačnije usporavanje, bitno bi bilo dalje razraditi model i uključiti npr. uticaj heterogenosti prostora, seoske naspram gradskih sredina - posledica svakog daljeg usložnjavanja, autori tvrde (a ja se slažem) je dalje smanjenje potrebnog i dovoljnog procenta za postizanje imuniteta krda

 

Drugi, tj. prvi deo rada puštanje klasičnog SEIR modela infekcije, ali sa ove dve stratifikacije i primenjenim merama kontrole epidemije je isto zanimljiv. Pod pretpostavkom da su inficirani pojedinci u latentnom stanju 3 dana, posle kojih sledi 4 dana infektivnosti (približno šta se znalo za SARS CoV-2) i da pojedinci imaju društvene kontakte po pretpostavci (malo je komplikovanije ovde, ali kao ilustracija OK je i ovako), i da je R0=2.5. Dole je Fig. 1  koja prikazuje razvoj zaraženog procenta populacije sa vremenom u četiri primera: (epidemija je počela 0. dana (15. II) 30. dana su uvedene mere  koje ostaju na snazi tri meseca (30. VI) kada se ukidaju u potpunosti. Stepen mera je u rasponu od nikakve (1, plavo) do potpunog lockdown-a (8/15, ljubičasto). U ovom modeliranju, JEDINI slučaj kada dolazi do 2. peak-a infekcije je scenario u kome je uveden lockdown, koji je podignut pre nego je minimalno potreban broj pojedinaca preležao infekciju.  Špekulšem ovde: ako se pusti evolucija epidemije još dalje u vremenu, i sa nekim drugim R0 npr., ne bi me iznenadio ni 3. peak…

 

Ispada da svaka cela zatvorena populacija, npr. u formi država, kada planira mere za suzbijanje epidemije mora da zna što bolje strukturu i sastav stanovništva da bi procenila obuhvat, kvalitet i dužinu trajanja mera.

 

Sve što je bilo ponavljanje poznatog, tja. Ostalo je valjda nešto što ima smisla, makar kao podloga za diskusiju ili Food for thought.

 

 

 

hvala ti za ovo.

[TdEII]

23 hours ago, precog said:

besmislen zato sto treba fokusirati mere na najaktivnije delove drustva (mladju i aktivnu populaciju koja je najvise u riziku od zarazavanja), a ne sve tretirati na isti nacin? ima smisla, ali problem sa ovim matematickim modelom je sto mi se cini da uzima u obzir da svako ko je bio izlozen virusu nuzno ima imunitet, sto izgleda nije tacno. Nisam citao celo istrazivanje, samo ovo sto si postovao, tako da ako je to vec opisano kao ogranicenje, izvinjavam se.

 

Da, i ovako jednostavan prošireni model je jasno pokazao da moraju da se rade realistični modeli, a ne "homogeno, uniformno, savršeno - eksponencijalno". 

 

Sad, ovo drugo oko imuniteta. Meni se čini da počinjemo da konvergiramo ka istini da se stvara imunitet, definitivno, i da traje različito. Koliko dugo zavisi i od stepena oboljevanja prvi put i od toga šta se gleda.

 

Edited July 4, 2020 by TdEII
You're welcome!

[vememah]

Quote

 

First Russian coronavirus vaccine volunteers report no adverse side-effects. Hopes now high for mass immunization in fall

 

3 Jul, 2020 15:49

By Jonny Tickle

 

There may finally be an end in sight. Two weeks after Russia’s home-grown Covid-19 vaccine was administered to a group of volunteers, there have been no negative side-effects, raising hopes that mass immunization may be possible.

“Volunteers from the first group…feel good and have no complaints about their health,” said a Ministry of Defense press release. “Over the past two weeks, there have been no serious side-effects.”

Volunteers in the second testing group, who received the injection five days later, also report zero adverse reactions.

The testing of Russia’s coronavirus vaccine is being carried out jointly by the country's Ministry of Defense and the Gamalei Institute of Epidemiology and Microbiology, located in Moscow. In early June, volunteers were selected from a mixture of military personnel and civilians.

On June 30, Russian Defense Minister Sergey Shoigu reported to President Vladimir Putin that trials should be over by the end of July. It’s expected that the vaccine will be registered in August and be put into mass production as early as possible.

According to Alexander Ginzburg, the Institute’s director, it’s hoped that, after a secondary ‘booster’ injection, immunity will last for two years. The country plans to produce up to 70 million doses, and health organizations are already preparing for a large-scale production effort.

 

https://www.rt.com/russia/493729-coronavirus-vaccine-no-side-effects/

Edited July 4, 2020 by vememah

[precog]

3 minutes ago, TdEII said:

 

Da, i ovako jednostavan prošireni model je jasno pokazao da moraju da se rade realistični modeli, a ne "homogeno, uniformno, savršeno - eksponencijalno". 

 

Sad, ovo drugo oko imuniteta. Meni se čini da počinjemo da konvergiramo ka istini da se stvara imunitet, definitivno, i da traje različito. Koliko dugo zavisi i od stepena oboljevanja prvi put i od toga šta se gleda.

 

dopada mi se pristup, vrlo je smislen.

nisam siguran kako bi se visestruke stratifikacije populacije primenile u realnoj situaciju, da li bi postojao nacin da se zaista primeni. 

sto se tice imuniteta, prema onome sam citao, nije jos jasno pod kojim uslovima se stvara i koliko traje. ono sto je, cini mi se jednoznacno, utvrdjeno je da postoji razlika u trajanju imuniteta izmedju osoba koje su ispoljavale simptome i asimptomaticnih. odnosno, jos uvek je tesko pricati o imunitetu, razlika u vrsti i kolicini antitela koji te dve grupe imaju.

[precog]

4 minutes ago, vememah said:

https://www.rt.com/russia/493729-coronavirus-vaccine-no-side-effects/

ovo je samo prva faza, treba jos da se utvrdi da li zaista razvija imunitet i koliko dugo. 

[TdEII]

@precog Ono "zavisi šta se gleda" se odnosilo (upravo,  uleteo si u međuvremenu) na to/ovo:

 

Odranije T cells found in COVID-19 patients ‘bode well’ for long-term immunity

 

Od sad Robust T cell immunity in convalescent individuals with asymptomatic or mild COVID-19 (preprint!)

 

KI Odeljenje za štampu o ovom  radu Immunity to COVID-19 is probably higher than tests have shown

 

Ja još/odatle izdvajam ovo: “One interesting observation was that it wasn’t just individuals with verified COVID-19 who showed T-cell immunity but also many of their exposed asymptomatic family members,” says Soo Aleman. “Moreover, roughly 30 per cent of the blood donors who’d given blood in May 2020 had COVID-19-specific T cells, a figure that’s much higher than previous antibody tests have shown.”

 

Po ranijim istraživanjima Zavoda za javno zdravlje, u aprilu je u ovoj podgrupi tek nešto oko 4.5% ljudi imalo detektovana antitela. U sledećem merenju, ovom koje se pominje gore, oko 6.4% je imala izražena antitela. 

[Aleksija]

@TdEII hej, hvala ti puno na ulozenom trudu i jasnom i informativnom tekstu!

 jako je zanimljivo, ni ja nisam sigurna koliko je od prakticnog znacaja  - narocito sa stanovista eventualnih promena u interakciji razlicitih grupa tokom trajanja epidemije. no, podstaklo me je da procitam ceo tekst, pa tek onda smem o tome.

 

i da, mislim da nam je svima bilo jasno da je najosetljivija i najvaznija tacka otvaranje, kada i kojim tempom. mi smo, naravno, izabrali najgoru varijantu. jedinu bas losu, u stvari, kako stvari stoje.

 

hvala jos jednom

[April]

Ne uspevam da iščitam sve, praštajte.

 

Da li je iko pratio šta je bilo sa italijanskom pretpostavkom o tome da covid nije virus već bakterija i da se rešava antibioticima i koagulantima?

[Jozef K.]

Pa svi mi pijemo hemomicin 😁

[precog]

1 hour ago, April said:

Ne uspevam da iščitam sve, praštajte.

 

Da li je iko pratio šta je bilo sa italijanskom pretpostavkom o tome da covid nije virus već bakterija i da se rešava antibioticima i koagulantima?

gde si to nasao, prilicno, hm, smela tvrdnja?