GMO - Monsanto at the door

[Aion]

Sigurnost kojom se tvrdi ''pa šta ako zamenim gene jedne vrste sa genima druge vrste'' me podseća na ad-hoc zamenu jedne promenljive u algoritmu sa drugom promenljivom. Svako ko se bavi programiranjem zna da algoritam neće da radi ako dođe do greške u deklaraciji makar jedne promenljive. Kompajler će da prijavljuje grešku, sve dok se ona ne ispravi. A programer za razliku od genetičara zna ceo algoritam i opet mu se potkradaju greške. I za razliku od njega on može da ispravi grešku.

Ne bih da trolujem, ali ovo ovako generalizovano jednostavno nije tacno. U genetskom programiranju apsolutno nije tacnu, tu se radi upravo ovo sto kazes da se nikada ne radi: slucajno menjaju delovi koda, ubacuju delovi iz drugih programa... U ostalim metodama evolutivnog programiranja koje se baziraju na imitiranju evolucije zivog svet je pitanje kako posmatramo sekvencu "gena". Ako je posmatramo kao program onda ni tu nije tacno.

[Lord Protector]

Ne bih da trolujem, ali ovo ovako generalizovano jednostavno nije tacno. U genetskom programiranju apsolutno nije tacnu, tu se radi upravo ovo sto kazes da se nikada ne radi: slucajno menjaju delovi koda, ubacuju delovi iz drugih programa... U ostalim metodama evolutivnog programiranja koje se baziraju na imitiranju evolucije zivog svet je pitanje kako posmatramo sekvencu "gena". Ako je posmatramo kao program onda ni tu nije tacno.

Pa u simulaciji možeš da radiš šta hoćeš. AI heuristiku koja ti padne na pamet, treba ti superkompjuter i žurka može da počne. Ali nije bila poenta u tome. Genetičari to rade in vivo. Šaran kome su oni izmenili gen se nalazi na mojoj i tvojoj trpezi a ne u klasteru kompjutera.Karikiram:nisam još video model interakcije genetski modifikovanog šarana i ljudskog organizma. Video sam kako modeluju virus ali to je daleko od jednog šarana. Dok to ne vidim ne jedem takvu ribu :Dhttp://www.youtube.com/watch?v=WBDKmDS734E Edited August 23, 2013 by slow

[Aion]

Genetsko programiranje je nesto sasvim drugo (iz programiranja je, ne iz biologije), zato sam rekao da trolujem.

[Aineko]

Priroda i evolucija ne opraštaju. Genetika ne oprašta. Nema milosti. Ili jesi ili nisi. Čovek je eonima naučio tu lekciju evolucije i preživljavanja i normalno je da je sumnjičav kada neko prčka u komandnom centru nuklearke prostom trial-error metodom pritiskanja dugmića. Tako je nastao Černobil.

mozda ne pratis temu, ne znam, ali ponovljeno je vec vise puta: to 'prckanje po komandnom centru nuklearke' se zove jednom recju evolucija. desava se svakog trenutka, sa svim bakterijama koje hranom uneses, bakterijama u tvom crevu, virusima sa kojima dodjes u kontakt... ne vidim neku posebnu paranoju zbog toga (za razliku od, u odnosu na prirodu, vrlo kontrolisanog procesa stvaranja gmo u labu).

Sigurnost kojom se tvrdi ''pa šta ako zamenim gene jedne vrste sa genima druge vrste'' me podseća na ad-hoc zamenu jedne promenljive u algoritmu sa drugom promenljivom. Svako ko se bavi programiranjem zna da algoritam neće da radi ako dođe do greške u deklaraciji makar jedne promenljive. Kompajler će da prijavljuje grešku, sve dok se ona ne ispravi. A programer za razliku od genetičara zna ceo algoritam i opet mu se potkradaju greške. I za razliku od njega on može da ispravi grešku.

ne uspevam da shvatim kako je ovo povezano sa genetikom ili biologijom uopste. bold prosto nije tacan kad su u pitanju zivi organizmi (inace nikad nista ne bi ni evoliuralo).

[Aineko]

inace, mene ludo zabavlja da protivnici gmo na ovoj temi koriste neke nakaradne analogije s kompjuterima, reference na clanke iz eminentnog naucnog clanka galaksije od pre 30 godina, a veze nemaju o tome sta se zbiva u modernoj nauci.

imam osecaj da nekim programerima poznavanje genetic algoritma daje (potpuno pogresnu) ideju da se tu mogu izvlaciti prakticne analogije. rasudjivati o genetici i evoluciji na osnovu koncepta unesenih u computer science je valjda jos i gore nego npr. rasudjivati o anatomiji i zivotnom i reproduktivnom ciklusu flamingosa na osnovu principa gradje i funkcionisanja aviona.edit: kad me vec u ovo divno jutro mrzi da ucim ovo sto bih trebala da ucim, evo nekih stvari koje pojasnjavaju ovo gore. npr. genomi su neverovatno robustni. mozes da ubacis ogromne DNA sequence u postojeci genom, ili pak da odstranis dobar deo genoma, i da i dalje dobijes funkcionalni genom i organizam. ovo naravno zavisi od toga sta ubacujes/odstranjujes i gde se to insertuje, a to su upravo stvari koje se mogu kontrolistai GM tehnologijom. da je tako lako poremetiti rad genoma kao sto neki ovde misle ne bi neki jadan lab technician morao da napravi hiljade agrobacterium mutanata neke gljive (ubacivanje poznate DNK sequence sa nadom da ce se ista randomly uglaviti u neki gen bitan za tvoje istrazivanje, za koji se do sada nije znalo da ima funkciju u procesu koji istrazujes) da bi (mozda) nasao jedan koji pokazuje fenotipska odstupanja. isto je i sa negativnim rezultatima nockouta gena. nije se jedan PhD student zatvorio u cold room (bolje u 37C room, toplije je) da se isplace jer potpuni nockout gena (ili vise njih) koji kodira protein sa inace bitnom funkcijom, prodje bez ikakvih fenotipskih manifestacija. Edited August 26, 2013 by estel

[bigvlada]

a dok se ne uvedu sanitarni uslovi i kvalitetna ishrana poput one u evropi (sto ce biti za jedno milenijum-dva), nek umiru od trivijalnih bolesti i beriberi.ja ko sto Bob zapoveda.humano, nema sta.

Manje krađa i korupcije u postojećem sistemu raspodele humanitarne pomoći bi dobro došlo. Gledao sam skoro jedan dokumentarac na NG-u, pleme i dan danas zavisi od lova na antilope i pokoje košnice sa medom dok se poljoprivreda stidljivo uvodi. Tim ljudima je itekako potrebna sistemska pomoć da unaprede svoju zajednicu da bude samodovoljna, po mom dubokom ubeđenju to se neće postići isporukama humanitarne pomoći (ma šta se u toj pomoći nalazilo).Mera za humanost mi svakako neće biti korporacije koje su pokušale da patentiraju ljudske gene ili one koje su morale da plaćaju višemilionske sume zbog proizvodnje bojnih otrova. Ja ne znam kako bih opisao situaciju gde Monsanto deci u Vijetnamu deli gmo hranu (posle epizode sa Agent Orange-om). Humanost^tm.

ja sam samo pitao za neku indiciju da se geni biljaka i zivotinja koje pojedemo ugradjuju u nas genom(za razliku od onih virusnih koji su se masovno ugradili)nazalost, i dalje sam uskracen za tu informaciju

Pa načekaćeš se za potvrdu ili opovrgavanje te teze. Monsanto ne smatra da ono što proizvodi treba da se klinički testira na ljudima, a i dugo traje. Naravno, uvek negde u zemljama trećeg sveta možeš naći pokusne kuniće. Samo ne znam kada smo od principa nešto je loše dok se ne dokaže da je dobro došli do nešto je dobro dok se ne dokaže da je loše?

aha. kako ce jednog vegetarijanca da spase to sto ne jede meso, ako neki opaki svinjski ili pticiji virus mutira na farmi (zahvaljujuci upravo toj masovnoj proizvodnji), postane zarazan za ljude i krene da se siri vazduhom, poput klasicnog gripa?

Ne može da se spase. Upravo u tome i jeste poenta. Zato je i rasprava žučna i na forumu i van njega. Ovde neće biti kohabitacije, ili će eventualno sva hrana biti gmo ili je uopšte neće biti. Ne mislim da bi bio bolji svet u kome ne bi bilo mangulice ili buše već bi svi jeli isključivo jednu do dve vrste svinjetine ili ovčetine (spoiler: IT analogija: možete kupiti samo intel ili amd procesor, možda neku arm alternativu). Pre neki dan sam pročitao majski broj domaćeg Popular Science-a i tamo je bio članak o nastajanju i rasprostiranju boleština. Članak je rađen na osnovu ove knjige - Edward C. Holmes-The Evolution and Emergence of RNA Viruses (ima je na lajbri dženesisu) interesantno štivo ali meni dosta komplikovano, verovatno će mi trebati pet čitanja (uz lovljenja značenja termina) da prokljuvim šta je tačno pisac hteo da kaže. Inače, autor kaže da mikrobe treba loviti, proučavati i klasifikovati, kako bi smo znali čemu možemo da se nadamo. Ja tu vidim problem kada u jednačinu uvrstiš organizme kojih nema u prirodi.

inace, mene ludo zabavlja da protivnici gmo na ovoj temi koriste neke nakaradne analogije s kompjuterima, reference na clanke iz eminentnog naucnog clanka galaksije od pre 30 godina, a veze nemaju o tome sta se zbiva u modernoj nauci.evo vam malo aktuelne naucne municije, bar da znate koje su prave opasnosti od GMOa(inace, jedan od razloga zasto sam ja protiv modifikacija koje omogucavaju intenzivniju upotrebu herbicida)

Da li je neka analogija dobra ili loša je subjektivna stvar, Slobodan si da ponudiš sopstvene. Municije ima sasvim dovoljno, razlozi za gmo hranu su sve smešniji, a smanjenje probavnih gasova kod krava mi je novi favorit.edit: hmm, ne shvatam kako je forumski softver umanjio tekst. Edited August 26, 2013 by bigvlada

[Аврам Гојић]

[Zverilla]

Mera za humanost mi svakako neće biti korporacije koje su pokušale da patentiraju ljudske gene ili one koje su morale da plaćaju višemilionske sume zbog proizvodnje bojnih otrova. Ja ne znam kako bih opisao situaciju gde Monsanto deci u Vijetnamu deli gmo hranu (posle epizode sa Agent Orange-om). Humanost^tm.

ako nisi primetio do sad: ovde se govori o manama i prednostima GMO. ne o biznis planu monsanta i odbrani njihovih vrednosti (ne primetih da je iko ista dobro napisao o njima ovde).

Pa načekaćeš se za potvrdu ili opovrgavanje te teze. Monsanto ne smatra da ono što proizvodi treba da se klinički testira na ljudima, a i dugo traje. Naravno, uvek negde u zemljama trećeg sveta možeš naći pokusne kuniće. Samo ne znam kada smo od principa nešto je loše dok se ne dokaže da je dobro došli do nešto je dobro dok se ne dokaže da je loše?

ne govorim o ljudima. govorim o bilo kakvoj indiciji (jos bolje dokazu) u bilo kom kontekstu gde je jedna vrsta ugradila u svoj genom DNK onoga sta je jela.u kontekstu tvog kravo-sarana: pokazi mi zeca s glavicom kupusa na dupetu i poverovacu ti.

Ne može da se spase. Upravo u tome i jeste poenta.

errr.. pa ti si rekao da vegetarijanac ima izbor da ne bude zatrt nekim zajebanim mutantom gripa koji je nastao pri masovnoj proizvodnji mesa, jer zaboga on ne jede meso.

Da li je neka analogija dobra ili loša je subjektivna stvar, Slobodan si da ponudiš sopstvene.

analogije su uvek bile samo losa zamena za manjak argumenata.a u slucaju naucne teme, onda nisu vise losa, nego jadna zamena.zato i ostavih onaj link sa nature.a, umesto da uvodim npr. flamingose&avione (dobar primer estel!) u nasu raspravu Edited August 26, 2013 by Zverilla

[Aion]

imam osecaj da nekim programerima poznavanje genetic algoritma daje (potpuno pogresnu) ideju da se tu mogu izvlaciti prakticne analogije. rasudjivati o genetici i evoluciji na osnovu koncepta unesenih u computer science je valjda jos i gore nego npr. rasudjivati o anatomiji i zivotnom i reproduktivnom ciklusu flamingosa na osnovu principa gradje i funkcionisanja aviona.

Mislim da gersis. Verovatno medju programerima koji poznaju genetske algoritme i srodne metode ima vise kreacionista (onih fundamentalnih, koji uopste ne veruju u evoluciju) nego onih koji uzimaju za ozbiljno analogije koje navodis. Inace sve to u computer science je krajnje marginalna oblast. Dosta programera je poznaje samo zato sto to ne zahteva neko znanje drugih oblasti, a i donekle moze da bude zabavna (vidi sta ja mogu da uradim).Drugi deo tvog posta je zanimljiviji jer upravo to o cemu pricas daje oruzje protivnicima GMO - genetika se (za sada) dosta bazira na metodi pokusaja i pogresaka. Pravo pitanje u diskusiji o GMO je: "Sta je alternativa?".Da li je alternativa u sve vecoj primeni hemije u proizvodnji hrane? Ili u prelasku na "organsku" proizvodnju hrane.Za mene je GMO za ishranu, nesto sto, vec u ovom trenutku, deluje kao neminovnost. Ono sto je pravo pitanje je da li, ili bolje reci kad treba poceti sa modifikacijom ljudskog genoma. A verujem da ce mladji forumasi doziveti to vreme.

[salerokada]

Uf, kako je ovo masivna zamena teze.

[Aineko]

Mislim da gersis. Verovatno medju programerima koji poznaju genetske algoritme i srodne metode ima vise kreacionista (onih fundamentalnih, koji uopste ne veruju u evoluciju) nego onih koji uzimaju za ozbiljno analogije koje navodis. Inace sve to u computer science je krajnje marginalna oblast. Dosta programera je poznaje samo zato sto to ne zahteva neko znanje drugih oblasti, a i donekle moze da bude zabavna (vidi sta ja mogu da uradim).

bold se i meni cini, pa ne vidim gde mislis da gresim (ti koncepti iz comp science prosto mogu da daju laznu sliku onima koji ih poznaju. neki ce iz istih izvuci zakljucak da je prosto zivi svet na zemlji suvise kompleksan da bi nastao bez pre-dizajniranog algoritma). napisala sam 'nekim programerima'.

Drugi deo tvog posta je zanimljiviji jer upravo to o cemu pricas daje oruzje protivnicima GMO - genetika se (za sada) dosta bazira na metodi pokusaja i pogresaka. Pravo pitanje u diskusiji o GMO je: "Sta je alternativa?".

zasto mislis da se genetika bazira na pogresci i pokusaju vise nego bilo koji drugi mehanizam uvodjenja novih substanci u ljudsku upotrebu? (kako znamo kako ce novi pesticid uticati na ekosistem, ili novi aditiv na ljudski organizam?)to moze da se cita i na potpuno drugi nacin, tj. da znamo sa dosta sigurnosti da ubacivanje jednog gena nece destabilizovati genom na neki uvrnut nacin koji bigvlada ocekuje. (i dalje cekam da neko opise mehanizam kojim gen krave u saranu izaziva abnormalnosti u petom kolenu konzumenta)

Ono sto je pravo pitanje je da li, ili bolje reci kad treba poceti sa modifikacijom ljudskog genoma. A verujem da ce mladji forumasi doziveti to vreme.

definishi mladji - hocu ja to da dozivim!

[Aion]

bold se i meni cini, pa ne vidim gde mislis da gresim (ti koncepti iz comp science prosto mogu da daju laznu sliku onima koji ih poznaju. neki ce iz istih izvuci zakljucak da je prosto zivi svet na zemlji suvise kompleksan da bi nastao bez pre-dizajniranog algoritma). napisala sam 'nekim programerima'.

Cela ta oblast ima, da tako kazem, nizak prag ukljucivanja - dovoljno je da imas elementarno znanje programiranje i da procitas par postova na progrmerskim blogovima sumnjivog kvaliteta, napises par programcica, pa da mozes da tvrdis da poznajes genetske algoritme. Medjutim, cak i na ovom nivou tesko mi je da poverujem da neko ozbiljno moze da ovo znanje ekstrapolira u smeru poznavanja bioloskih sistema. Ono sto moze da nauci je znacenje pojmova mutacija, krosing-over jer su to ovde stvari koje su direktno prenete iz genetike.

zasto mislis da se genetika bazira na pogresci i pokusaju vise nego bilo koji drugi mehanizam uvodjenja novih substanci u ljudsku upotrebu? (kako znamo kako ce novi pesticid uticati na ekosistem, ili novi aditiv na ljudski organizam?)to moze da se cita i na potpuno drugi nacin, tj. da znamo sa dosta sigurnosti da ubacivanje jednog gena nece destabilizovati genom na neki uvrnut nacin koji bigvlada ocekuje. (i dalje cekam da neko opise mehanizam kojim gen krave u saranu izaziva abnormalnosti u petom kolenu konzumenta)

Nisam mislio na uvodjenje supstanci u upotrebu, nego na sam proces istrazivanja. Koliko sam shvatio, pisala si o fundamentalnim istrazivanjima. Naravno, i meni je cudna ova hajka na GMO. Iako ne volim teorije zavera, ponekad sam sklon da poverujem da je to u reziji hemijske industrije. Neko je ovde (mozda bas ti) pomenuo da ljudi vec vise hiljada godina (od kad se bave stocarstvom i zemljoradnjom) aktivno uticu na genetski materijal zivotinja i biljaka, pa nista.Ono od cega ja strahujem kad je u pitanju GMO u ishrani je uticaj na ukus hrane. Jesam za to da jedem ribu koja ima ukus goveceta (ili jos bolje svinje), ali ne bih da jedem paradajiz kome je ubijen gen koji iziaziva truljenje sto paradazij cini bezukusnim (ne znam da li je ovo za paradajiz tacno, navodim kao primer).

definishi mladji - hocu ja to da dozivim!

Ispod 55. Hocu i ja! Mada sam ja vise zainteresovan za transhumanizam koji ide u pravci integrisanja sa masinama.

[Aineko]

Nisam mislio na uvodjenje supstanci u upotrebu, nego na sam proces istrazivanja. Koliko sam shvatio, pisala si o fundamentalnim istrazivanjima.

mislim da si sam sebi odgovorio - basic science. tu ce pokusaj-i-greska imati svoje mesto (nije nista lakse uraditi PhD u drugim prirodnim naukama nego u mol. genetici). ali kao i u svemu drugom, ono sto stigne do primene ukljucuje neko prilicno reliable poznavanje materije (bar u odnosu na ono sto se desava u basic science), npr. u ovom slucaju znanje da su genomi prilicno robustni (ili da su neki genomi prirodno nestabilni). GMO tehnologija za masovnu upotrebu nije basic science.

[Lord Protector]

mozda ne pratis temu, ne znam, ali ponovljeno je vec vise puta: to 'prckanje po komandnom centru nuklearke' se zove jednom recju evolucija. desava se svakog trenutka, sa svim bakterijama koje hranom uneses, bakterijama u tvom crevu, virusima sa kojima dodjes u kontakt... ne vidim neku posebnu paranoju zbog toga (za razliku od, u odnosu na prirodu, vrlo kontrolisanog procesa stvaranja gmo u labu).

Pazi, ja tu vidim problem ko vrši pčkanje. Evolucija, tj Majka priroda je ovlašćeni i sertifikovani prčkač, milioni godina prirodnog trial-error je stvorilo pouzdane mehanizme, jedan složeni sistem koji je dobro uhodan. Čovek je tu novajlija kada se poredi sa tim mehanizmom koji traje toliko dugo. Ne može u potpunosti da sagleda celu sliku, da isprati lanac događaja do kraja. Ovo me podseća na rano doba nuklearne fizike kada fizičari nisu bili svesni opasnosti radioaktivnosti i kada je dosta ljudi nastradalo od posledica kontakta sa radiaktivnim materijalom (između ostalih i porodica Kiri). Problem sa genetikom (i ne samo sa njom doduše) je nestrpljivost da se što pre izađe iz laboratorija na tržište. Tržište ima svoje mehanizme, ono pritiska nauku tražeći brza i isplativa rešenja. Imam duboku sumnju da cela stvar nije u rukama genetičara već vlasnika kapitala koje je baš briga za bezbednost ljudi. Njih samo zanima profit. A to je već odškrinuta pandorina kutija... Edited August 27, 2013 by slow

[Aineko]

ipak ne citas. imali smo celu raspravu o tom "priroda zna najbolje" (sto prosto nije tacno).nije priroda stvorila nikakve 'pouzdane mehanizme' - mehanizmi su isti kao pre 500M godina. trial and error ce prestati onog trenutka kad nestane zivih bica. da li ti mislis da je horizontal gene transfer danas 'uredjeniji' (ne znam cak ni kako bi se to merilo) nego pre 200M godina? ili da su mutacije danas manje slucajne nego pre milijardu godina?GMO tehnologija je samo 'uredjena' varijanta potpuno 'neuredjenog' prirodnog procesa.

Edited August 27, 2013 by estel